Умеренно - континентальный климат Иссык - Кульской котловины - наиболее мягкий в Средней Азии - обусловлен влиянием Иссык - Куля. Озеро повышает температуру воздуха в январе примерно на 10о и обусловливает столь необычное для Средней Азии нежаркое лето: среднемесячная температура в июле - августе в Пржевальске (1774 м) 16,5 - 16,9оС, в Джетыогузе (2300 м) 13,9 - 14,2 оС, в ущелье Чон - Кзылсу, в районе физико - географической станции (2555 м), 9,5 - 9,7 оС, в высокогорье, у языка ледника Карабаткак (3250 м), 6 - 6,2 оС. На южном побережье Иссык - Куля овощи и фрукты созревабт на месяц позднее, чем во Фрунзе и Чуйской долине: самые ранние фрукты - абрикосы и сливы - появляются на рынке в конце августа, а первые помидоры - только в сентябре.
При нежарком лете на Иссык - Куле преобладает безоблачная погода: в июне - августе в Пржевальске по 300 - 320 часов солнечного сияния, или 67 - 70% от возможного, но в среднегорье - в Чон - Кзылсу (2555 м) - 190 - 240 часов. Интенсивная солнечная радиация обусловнеа высоким стояние солнца: 70 - 72о в дни летнего и 23о в дни зимнего солнцестояния.
В Иссык - Кульской котловине преобладает (60 %) теплый и сухой западный ветер, приходящий через Боомское ущелье и носящий местное название "Улан" или "Боом". Холодный восточный ветер "Санташ" иногда встречается над озером с западным ветром и вызывает образование водяных смерчей. Обычны на Иссык - Куле прибрежные ветры - бризы: днем они дуют с озера на берег (по местному - морской ветер), а ночью с берега к воде ("горняк"). Такова же смена направления вттра и в горных ущельях. Резкий вечерний бриз вздымает на Иссык - Куле высокие волны, как на море в непогоду, и лодку, застигнутую ветром, может бросать по волнам до утра, ибо весла бесполезны.
Выпадение осадков в горах Средней Азии в значительной мере связано с западными ветрами. На первый взгляд кажется удивительным, что воздушные течения, возникающие в Атлантаческом океане, пройдя многие тысячи километров и преодолев знойные пустыни Средней Азии, доносит до Тянь - Шаня влагу океана и тем самым в значительной мере определяет характер погоды в горах Тянь - Шаня. Воздух, пройдя через Боомское ущелье, расширяется в Иссык - Кульсклй котловине, динамически высушивается и принимает характер фена. Проходя над поверхностью Иссык - Куля, воздушные массы вновь насыщаются влагой испарений озера, а попав в восточную его часть, благоприятную для концентрации влаги, образуют осадки, преимущественно в теплое время года. В связи с этими особенностями выпадение осадковв приозерной котловине возрастает по мере двиэения с запада на восток в западной части (Рыбачье) 115 мм в год, в средней части (Боконбаевское, Чолпон - Ата) 200 - 250 мм, в восточной части (Пржевальск) 415 мм, а в близи хребта Кунгей - Алатау (Курменты, Тюп) 570 - 676 мм.